Khu đất này vốn dĩ thuộc về hoàng tộc, những đã được ban tặng (恩賜 onshi "ân tứ") cho chính quyền thành phố năm 1924 cùng với công viên Ueno nhân lễ thành hôn của thái tử Hirohito.[3]

Thế chiến thứ hai

Ngay sau vụ đánh bom Tokyo tháng 3 năm 1945, người Nhật đã đem bêu viên phi công Hoa Kỳ lái B-29 Ray "Hap" Hallora trong một chuồng hổ ở sở thú Ueno trong tình trạng khỏa thân để cho người dân đi bộ trước chuồng hổ và xem.[4][5]

Lục quân Đế quốc Nhật Bản đã ra lệnh giết hết tất cả "những con thú hoang và nguy hiểm", cho rằng bom có thể đánh trúng sở thú và giải thoát những con thú hoang và chúng sẽ phá phách đường phố Tokyo. Những yêu cầu trì hoãn thi hành hoặc sơ tán những con thú đi nơi khác của nhân viên vườn thú đều bị từ chối. Các con vật chủ yếu bị hành quyết bởi thuốc độc, bóp cổ, hoặc đơn giản là để chúng chết đói.